D'une part, sur le plan formel, alors que la rédaction de l'actuel article 299-2 du TCE fait référence aux « départements français d'outre-mer », sans autre précision, le nouvel article 349 du TFUE mentionne expressément la liste des territoires concernés, c'est-à-dire la Guadeloupe, la Guyane française, la Martinique, La Réunion, Saint-Barthélemy et Saint-Martin. Ainsi, le traité de Lisbonne fait passer de 7 à 9 le nombre de régions ultrapériphériques, en reconnaissant un tel statut à Saint-Barthélemy et à Saint-Martin. Toutefois, il ne s'agit pas d'un véritable changement car cet ajout vise à prendre en compte l'évolution du statut de ces îles qui faisaient partie du département de la Guadeloupe et sont devenues des collectivités d'outre-mer le 15 juillet 2007, tout en demeurant dans le territoire de l'Union européenne.
D'autre part, il permet à un territoire de passer, dans des conditions simplifiées, du statut de PTOM à celui de RUP et vice-versa. En effet, un mécanisme est introduit à l'article 355 §6 du TFUE, qui permet d'adapter la liste des régions ultrapériphériques par une décision du Conseil à l'unanimité après consultation de la Commission. Ainsi, un changement de statut ne nécessitera plus, comme c'est le cas actuellement, une procédure de révision des traités (avec une ratification par tous les États membres). La déclaration n°43 relative à l'article 355 du TFUE précise que le Conseil prendra une décision aboutissant à la modification du statut de Mayotte à l'égard de l'Union de manière à ce que ce territoire devienne une région ultrapériphérique lorsque les autorités françaises notifieront au Conseil européen et à la Commission que l'évolution en cours du statut interne de l'île le permet. Cette déclaration avait été demandée par la France en vue de la consultation sur le changement de statut de Mayotte et sa transformation en DOM.
D'autre part, il permet à un territoire de passer, dans des conditions simplifiées, du statut de PTOM à celui de RUP et vice-versa. En effet, un mécanisme est introduit à l'article 355 §6 du TFUE, qui permet d'adapter la liste des régions ultrapériphériques par une décision du Conseil à l'unanimité après consultation de la Commission. Ainsi, un changement de statut ne nécessitera plus, comme c'est le cas actuellement, une procédure de révision des traités (avec une ratification par tous les États membres). La déclaration n°43 relative à l'article 355 du TFUE précise que le Conseil prendra une décision aboutissant à la modification du statut de Mayotte à l'égard de l'Union de manière à ce que ce territoire devienne une région ultrapériphérique lorsque les autorités françaises notifieront au Conseil européen et à la Commission que l'évolution en cours du statut interne de l'île le permet. Cette déclaration avait été demandée par la France en vue de la consultation sur le changement de statut de Mayotte et sa transformation en DOM.
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